新疆巴楚邦克尔国家湿地公园共发现列入《国家重点保护野生动物名录》中的Ⅰ类保护物种1种，为黑鹳（Ciconia nigra）；Ⅱ类7种，包括鹗（Pandion haliaetus）、黑耳鸢（Milvus lineatus）、雀鹰（Accipiter nisus）、草原鹞（Circus macrourus）、红隼（Falco tinnunculus）、灰鹤（Grus grus）、纵纹腹小鸮（Athene noctua）。列入禁止国家间贸易的《濒危野生动植物种国家贸易公约附录》中的种类有8种，包括黑鹳、鹗、黑耳鸢、雀鹰、草原鹞、红隼、灰鹤、纵纹腹小鸮。
黑鹳 Ciconia nigra Ⅰ类
描述：体大(100厘米)的黑色鹳。下胸、腹部及尾下白色，嘴及腿红色。黑色部位具绿色和紫色的光泽。飞行时翼下黑色，仅三级飞羽及次级飞羽内侧白色。眼周裸露皮肤红色。亚成鸟上体褐色，下体白色。
分布：罕见且数量仍在下降。季候鸟。繁殖于中国北方，越冬至长江以南地区及台湾。
习性：栖于沼泽地区、池塘、湖泊、河流沿岸及河口。性惧人。冬季有时结小群活动。
全球数量：24,000-44,000
灰鹤 Grus grus Ⅱ类
描述：体型中等(125厘米)的灰色鹤。前顶冠黑色，中心红色，头及颈深青灰色。自眼后有一道宽的白色条纹伸至颈背。体羽余部灰色，背部及长而密的三级飞羽略沾褐色。
分布：繁殖于中国的东北及西北。冬季南移至中国南部及印度支那。
习性：喜湿地、沼泽地及浅湖。迁徙时停歇和取食于农耕地。
全球数量：24,000-44,000
鹗 Pandion haliaetus Ⅱ类
描述：中等体型(55厘米)的褐、黑及白色鹰。头及下体白色，特征为具黑色贯眼纹。上体多暗褐色，深色的短冠羽可竖立。
分布：分布广泛但一般罕见。留鸟分布在中国多数地区，夏候鸟于东北及西北。
习性：捕鱼之鹰，从水上悬枝深扎入水捕食猎物，或在水上缓慢盘旋或振羽停在空中然后扎入水中。
全球数量：500,000
黑耳鸢 Milvus lineatus Ⅱ类
描述：体型略大(65厘米)的深褐色猛禽。尾略显分叉，飞行时初级飞羽基部具明显的浅色次端斑纹。似黑鸢但耳羽黑色，体型较大，翼上斑块较白。
分布：此鸟为中国最常见的猛禽。留鸟分布于中国各地，包括台湾、海南岛及青藏高原高至海拔5000米的适宜栖息生境。
习性：喜开阔的乡村、城镇及村庄。优雅盘旋或作缓慢振翅飞行。栖于柱子、电线、建筑物或地面，在垃圾堆找食腐物。
全球数量：1,000,000-6,000,000
雀鹰 Accipiter nisus Ⅱ类
描述：中等体型(雄鸟32厘米，雌鸟38厘米)而翼短的鹰。雄鸟：上体褐灰，白色的下体上多具棕色横斑，尾具横带。脸颊棕色为识别特征。雌鸟：体型较大，上体褐，下体白，胸、腹部及腿上具灰褐色横斑，无喉中线，脸颊棕色较少。
分布：繁殖于古北界；候鸟迁至非洲、印度、东南亚。
习性：从栖处或"伏击"飞行中捕食，喜林缘或开阔林区。
全球数量：>1,500,000
红隼 Falco tinnunculus Ⅱ类
描述：体小(33厘米)的赤褐色隼。雄鸟头顶及颈背灰色，尾蓝灰无横斑，上体赤褐略具黑色横斑，下体皮黄而具黑色纵纹。雌鸟体型略大：上体全褐，比雄鸟少赤褐色而多粗横斑。亚成鸟：似雌鸟，但纵纹较重。与黄爪隼区别在尾呈圆形，体型较大，具髭纹，雄鸟背上具点斑，下体纵纹较多，脸颊色浅。
分布：非洲、古北界、印度及中国；越冬于菲律宾及东南亚。甚常见留鸟及季候鸟，指名亚种繁殖于中国东北及西北；interstinctus为留鸟，除干旱沙漠外遍及各地。北方鸟冬季南迁至中国南方、海南岛及台湾越冬。
习性：在空中特别优雅－捕食时懒懒地盘旋或斯文不动地停在空中。猛扑猎物，常从地面捕捉猎物。停栖在柱子或枯树上。喜开阔原野。
全球数量：> 5,000,000
草原鹞 Circus macrourus Ⅱ类
描述：雄鸟：体型中等(46厘米)的浅灰色鹞。翼尖具黑色的小楔形斑。甚似乌灰鹞，但腰部白色明显，头偏白，翼尖斑纹特别。次级飞羽基部缺少黑色线条。色彩比白尾鹞浅。雌鸟褐色，与雌白尾鹞的区别在飞行时缺少暗色后缘；与乌灰鹞的区别在具浅色后领环，且翼下覆羽缺少赤褐色横斑。初级飞羽与色深的次级飞羽、翼下浅色的前覆羽与深色的后覆羽、深色上胸与浅色下胸成对比。
分布：在中国为罕见季候鸟。繁殖于新疆西部的天山地区。新疆西部、河北、江西、江苏、广西、西藏南部及海南岛均有零星记录。
习性：在开阔的原野上低空滑翔寻找猎物
全球数量：不详
纵纹腹小鸮 Athene noctua Ⅱ类
描述：体小(23厘米)而无耳羽簇的鸮鸟。头顶平，眼亮黄而长凝。浅色的平眉及宽阔的白色髭纹使其看似狰狞。上体褐色，具白色纵纹及点斑。下体白色，具褐色杂斑及纵纹。肩上有两道白色或皮黄色的横斑。
分布：常见留鸟，广布于中国北方及西部的大多数地区，高可至海拔4600米。
习性：部分地昼行性。矮胖而好奇，常神经质地点头或转动。有时以长腿高高站起。快速振翅作波状飞行。常立于篱笆及电线上。能徘徊飞行。
全球数量：5,000,000-15,000,000
