新疆巴楚邦克尔国家湿地公园于2015年12月经国家林业局批准设立，公园位于新疆喀什地区巴楚县境内，地处帕米尔高原以西、天山以南，塔里木河流域叶尔羌河下游，由库塘、河流、沼泽、草甸等湿地类型组成。湿地公园总面积4936.37 hm2，其中湿地总面积4727.58hm2，占湿地公园总面积的95.77%。该湿地公园地处我国“塔里木河荒漠化防治生态功能区”（《全国主体功能区规划》）、“西北荒漠绿洲交接生态脆弱区”（《全国生态脆弱区保护规划纲要》），以及“塔里木河流域防风固沙重要区”（《全国生态功能区划》）等重要生态功能区，地理区位重要，该湿地公园的建设对保护塔里木河流域水生态安全、维系塔里木盆地绿洲生命系统和人类的生存环境具有重要作用。同时，该湿地地处中亚鸟类迁徙路线上，分布有丰富的野生动植物资源，湿地公园的建设对于保护西北干旱区生物多样性意义重大。
湿地公园内的植物81种，隶属62属24科。其中湿地植物有13科20属23种，包括湿生植物11种，挺水植物9种，沉水植物3种。另外，蕨类植物1科1属2种；种子植物23科62共79种，其中双子叶植物18科42属57种，单子叶植物5科20属22种。
湿地公园内共调查记录到鸟类85种，隶属于16目31科。其中湿地鸟类31种，分属于7目11科。该地区记录到的85中鸟类中，有繁殖鸟 71种（留鸟21种，夏候鸟50种），非繁殖鸟14种（冬候鸟4种，旅鸟10种）。在71种繁殖鸟中，古北界56种，广布种15种，无东洋界物种分布。
湿地公园内共发现列入《国家重点保护野生动物名录》中的Ⅰ类保护物种1种，为黑鹳（Ciconia nigra）；Ⅱ类7种，包括鹗（Pandion haliaetus）、黑耳鸢（Milvus lineatus）、雀鹰（Accipiter nisus）、草原鹞（Circus macrourus）、红隼（Falco tinnunculus）、灰鹤（Grus grus）、纵纹腹小鸮（Athene noctua）。列入禁止国家间贸易的《濒危野生动植物种国家贸易公约附录》中的种类有8种，均为附录Ⅱ物种，包括黑鹳、鹗、黑耳鸢、雀鹰、草原鹞、红隼、灰鹤、纵纹腹小鸮。
巴楚邦克尔国家湿地公园规划区域内鱼类共有15种，分属3目6科。其中，鲤形目鱼类2科10种。濒危及重点保护土著鱼类有叶尔羌高原鳅（Triplophysa (Hedinichthys) yarkandensis）、塔里木裂腹鱼（Schizothorax biddulphi）等，中国动物红皮书名录物种1种为中华青鳉（Oryzias sinensis）。
巴楚邦克尔国家湿地公园规划区域共计两栖类2种，分别为新疆蟾蜍（Bufo pewzowi）、牛蛙（Rana catesbeiana）；爬行类共计12种，其中蜥蜴类8种，蛇类2种。中国特有种3种：新疆漠虎（Alsophylax przewalskii）、叶城沙蜥（Phrynocephalus axillaris）、南疆沙蜥（Phrynocephalus forsythii）等。
湿地公园及其周边区域为人类活动较为频繁区域，该区域调查所得的哺乳类物种数目较少，共计哺乳类物种为6种。主要为啮齿类物种，包括啮齿目3种，分别为小家鼠（Mus musculus）、印度地鼠（Nesokia indica）、子午沙鼠（Meriones meridianus）；兔型目2种分别为灰尾兔（Lepus oiostolus）、塔里木兔（Lepus yarkandensis）等。另外，根据走访了解到该区域有野狼（Canis lupus）出没，为其游荡区域之一。国家II级保护物种1种，为塔里木兔。
邦克尔国家湿地公园是我国新疆干旱地区稀缺的湿地资源，堪称沙漠中的“湿岛”，具有极为重要的生态价值及景观价值。湿地公园拥有沙漠、河流、沼泽、库塘等类型，湿地景观丰富多样，同时通过西域历史文化的深度挖掘，形成干旱荒漠区独特的自然景观和人文景观，其奇异度较高，具有极高的美学观赏价值。湿地公园位于塔里木河下游，对塔里木河水质的保护具有重要价值，同时其拥有丰富的生物多样性和特有性，是维护地区生态系统安全的重要保障。
